Tradicionalmente, la selección de clones se basaba en la interrupción de un marcador genético (por ejemplo, la selección azul y blanca basada en la interrupción del gen LacZ), y la retención de plásmidos se basaba en genes de resistencia a antibióticos. El desarrollo de vectores que emplean módulos de selección elude estos problemas y permite el crecimiento de bacterias que albergan plásmidos con inserciones únicamente. Típicamente, los vectores utilizados en estos sistemas expresan un producto génico que es letal para ciertos hospedadores bacterianos. El gen letal se inactiva mediante la inserción de un segmento de ADN extraño y, por lo tanto, se alivia la toxicidad.
La solución técnica más eficiente sigue siendo la eliminación de bacterias que albergan un vector sin inserción, o la selección de bacterias que albergan el vector recombinante, la llamada selección positiva. La tecnología ccdB desarrollada por Delphi Genetics ha demostrado ser un enfoque exitoso para construir vectores de selección positiva.
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